マトリックス支援レーザー脱離イオン化法（MALDI）は、タンパク質などの高分子化合物のイオン化を行うことができ、プロテオソーム解析に利用される。
一般的に、飛行時間型（TOF: Time of flight）の質量分析計を組み合わせることにより、分子量10万以上の化合物の測定に使用されることが多い。
エレクトロスプレーイオン化法（ESI）は、溶液状での測定が可能なイオン化法である。 試料分子を、大気
理論段数（N）は、カラム効率を表す指標であり、この値が大きいほど優れた分離系である。 理論段数は以下
日本薬局方一般試験法では、分離度（Rs）の値が1.5以上であれば2つのピークが完全に分離していると規
質量分布比（k'）が大きいほど、固定相への親和性が高く、試料はカラム（固定相）に保持されやすい。 質
シンメトリー係数（S）は、クロマトグラム上のピークの対称性の度合いを表す指標であり、ピークが左右対称
分離係数（α）は、2つの物質の保持時間の比で表されているため、同一の分離条件で化合物の保持時間が同じ