代表的なものに、先天性のクレチン症と慢性甲状腺炎（橋本病）がある。
クレチン症は性差がない。
慢性甲状腺炎（橋本病）は女性に多い。
慢性甲状腺炎（橋本病）では、血中T3、T4は低下するが、血中TSHは負のフィードバックの低下によって上昇する。
慢性甲状腺炎（橋本病）は、抗チログロブリン抗体や抗甲状腺ペルオキシダーゼ抗体が関与している。
寒がり、冷え性、皮膚乾燥、脂質代謝低下（コレステロール上昇）、徐脈、粘液水腫（圧痕を残さない浮腫）などが起こる。
T4製剤による補充療法
・作用がマイルド
・半減期が長い
ヨウ化ナトリウム（131I）カプセルは経口で甲状腺機能検査及び甲状腺機能亢進症
バセドウ病は抗TSH受容体抗体が産生されることによって、TSH受容体を刺激することで甲状腺機能亢進症