大きさに依存して分離する方法である。高分子化合物の分離に適している。
アガロースゲル電気泳動とポリアクリルアミドゲル電気泳動がある。
ゲル電気泳動法では、主にイオンの分子量（サイズ）により物質を分離する。電荷はほとんど影響しない。
核酸の分離に利用される。
核酸は負の電荷を有するため陽極へ移動する。
小さい核酸ほど移動速度が速い。
ポリアクリルアミドゲル電気泳動は、ゲルの網目構造を利用して分子量の違いで分離をする方法である。
タンパク質に還元剤を加えて、S-S結合を還元して切断したのち、SDSを加えて陰イオン性を持たせて泳動する。
ゲル電気泳動では分子の立体構造の違いが移動度に影響を与えるため、あらかじめ2-メルカプトエタノールなどの還元剤を用いてタンパク質内のS－S結合を切断し、3次元構造を破壊した後に分離を行っている。
SDSは、分子内に疎水基と陰イオン性の親水基をもつ陰イオン界面活性剤であり、分子量に応じて負の電荷を持たせる。タンパク質のアミノ酸残基2～3個に対し、SDS1個が結合する。
・SDSは陰イオン性界面活性剤である。
・SDSとアミノ酸残基の結合比は約1：2。
・タンパク質は陽極へ移動する。
・小さいタンパク質ほど移動速度は速い。
分離係数（α）は、2つの物質の保持時間の比で表されているため、同一の分離条件で化合物の保持時間が同じ
移動界面電気泳動法、ゾーン電気泳動法の二種類がある。現在主に利用されているのは、分離をバンドとしてと
質量分布比（k'）が大きいほど、固定相への親和性が高く、試料はカラム（固定相）に保持されやすい。 質
【特徴】 ・ジュール熱の拡散が良い。 ・試料が微量で良い。 ・紫外可視検出器や蛍光検出器で検出。 ・
日本薬局方一般試験法では、分離度（Rs）の値が1.5以上であれば2つのピークが完全に分離していると規
マトリックス支援レーザー脱離イオン化法（MALDI）は、タンパク質などの高分子化合物のイオン化を行う
定量限界とは、試料中に含まれる分析対象物の定量が可能な最低の量又は濃度のことである。 ※[1120:
理論段数（N）は、カラム効率を表す指標であり、この値が大きいほど優れた分離系である。 理論段数は以下
検出限界（感度）とは、試料に含まれる分析対象物の検出可能な最低の量又は濃度のことである。 ※[111
エドマン分解法（Edman分解法）は、アミノ酸のN末端とフェニルイソチオシアネート （PITC）とを